Im Jahre 1941 begann das neue Schuljahr erstmals nach den großen Sommerferien am 1. September und nicht wie bisher zu Ostern. Zeugnisse gab es ab diesem Jahr am letzten Schultag vor Beginn der Sommerferien und Halbjahreszeugnisse im Januar vor den Winterferien. Schulentlassung und Aufnahme der ersten Klassen erfolgten auch an diesen Tagen.
Die an der Pestalozzi-Schule durchgeführte „Schulkinderspeisung" konnte ab dem Jahr 1939 nur noch eingeschränkt erfolgen. Laut Schreiben des Bürgermeisters der Stadt Rodewisch vom 30. November 1939 wurde in diesem Schuljahr erst am 4. Dezember 1939 damit begonnen und konnte auch nur zehn Wochen durchgeführt werden. Da das „Unterstützungsamt" des Landrates des Kreises Auerbach für die „Schulkinderspeisung" an der Pestalozzi-Schule nur sehr geringe Mittel zur Verfügung stellte, wurde sie immer unzureichender. Aus diesem Grunde beschloss am 2. Dezember 1941 der Stadtrat von Rodewisch, diese einzustellen.
Gegen Ende des 2. Weltkrieges am 11. April 1945 stellte man den Unterricht an der Pestalozzi-Schule ein.
Nach dem Abzug der Amerikaner aus Rodewisch und der Besetzung durch die sowjetische Armee wurde bereits am 1. Oktober 1945 auf Befehl der „Sowjetischen Militäradministration" (SMAD) der Unterricht wieder aufgenommen. In den ersten Monaten mit der noch vorhandenen Lehrerschaft, bis im Dezember 1945 alle Lehrer, die Mitglieder der NSDAP waren, aus dem Schuldienst ausscheiden mussten. Es erteilten nun in den 40 Rodewischer Schulklassen neun Lehrer, drei Altlehrer und sechs Neulehrer, Unterricht. Zu den ersten Neulehrern gehörten unter anderem die Lehrerin Lore Hötzel, die Lehrer Rudolf Reuter und Paul Schricker. Der Anfang war schwer, da es an allem fehlte. Der Unterricht für die Kinder konnte nur stundenweise durchgeführt werden, da die Lehrer teilweise über hundert Kinder zu unterrichten hatten und für mehrere Klassen als Klassenleiter fungierten. Auch fehlte es an allen Arten von neuen Lehrmitteln und Lehrbüchern. Im Juni 1946 nahmen an der Pestalozzi-Schule zehn weitere Neulehrer ihre Arbeit auf. Zu Beginn des Schuljahres 1946/47 konnten bereits 36 Lehrkräfte verzeichnet werden. Es waren zwar nicht alle ausgebildete Pädagogen, aber jeder gab sich große Mühe, den Kindern einen guten Unterricht zu bieten.
Viele Kinder hatten monatelang keinen Unterricht und bedingt durch den häufigen Ausfall von Unterrichtsstunden war es schwer, die Kinder wieder an einen geregelten Unterricht zu gewöhnen. Die Lehrerschaft war ständig bemüht, die Kinder zum regelmäßigen Besuch der Schule anzuhalten. Auf die bestehende Schulpflicht wies deshalb der Stadtrat von Rodewisch in einer Bekanntmachung vom 15. Oktober 1947 alle Eltern und Erzieher hin. Manche Kinder konnten auch am Unterricht nicht teilnehmen, da sie zu Hause häusliche Pflichten übernehmen mussten, zum Beispiel auf ihre jüngeren Geschwister aufpassen, da die Mutter den ganzen Tag arbeitete, weil der Vater sich noch in Kriegsgefangenschaft befand bzw. im Krieg gefallen war. Während der Wintermonate fehlten zusätzlich noch Kinder, da einige nicht die entsprechende Kleidung sowie Schuhe besaßen. Die Lehrer versuchten eine gerechte Verteilung der Bezugsscheine für Schuhe zu ermöglichen. Zum Mangel an Kleidung und Schuhen kam auch noch das Fehlen von Lebensmitteln. Viele Kinder waren unterernährt, was sich negativ auf die Leistungsfähigkeit und das Konzentrationsvermögen auswirkte. Ein großer Fortschritt war es, als täglich für die Kinder Brötchen mit Kaffee oder eine „Schrotsuppe" ausgegeben werden konnte. Unterstützung dabei bekam die Schule von der „Volkssolidarität".
In den Wintermonaten 1945 bis 1947 war eine kontinuierliche Durchführung des Unterrichts nicht möglich, da es am entsprechenden Heizmaterial fehlte. Es wurden in ungeheizten Räumen meistens nur Kurzstunden erteilt. Zum Ausgleich des Unterrichtsausfalles in den ersten Monaten des Jahres 1947 wegen des sehr strengen Winters, verkürzte man die Sommerferien. Sie wurden auf die Zeit vom 16. August bis zum 31. August 1947 festgelegt. Im Sommer versuchten die Lehrer Brennstoffe für den Winter zu organisieren. Sie stachen Torf und gingen in den Wald, um Holz zu schlagen. Teilweise verlegte man den Unterricht auch in beheizte Aufenthaltsräume von Betrieben, die sie den Kindern bereitwillig zur Verfügung gestellt hatten. Nach und nach wurden Veränderungen an der Heizung vorgenommen und im Jahre 1949 konnte ab dem 1. September in der Pestalozzi-Schule wieder durchgängig geheizt werden.
Sehr negativ auf die Gestaltung und Durchführung des Unterrichts wirkte sich auch das Fehlen jeglichen Unterrichtsmaterials aus. Es mangelte an Bleistiften, Federhaltern, Kreide und Schulheften. Lehrer sowie Schüler versuchten durch Altstoffsammlungen, die Heftnot zu beseitigen, indem sie gebrauchte Schulhefte, in denen noch einige Seiten unbeschrieben waren, weiter verwendeten. Man schrieb sogar auf Zeitungsränder.
Doch alle Schwierigkeiten wurden mit der Zeit bewältigt. Die Lehrerschaft bezog die Öffentlichkeit in die Lösung ihrer Probleme mit ein. In der Zeit vom 7. bis 12. November 1949 fand an der Pestalozzi-Schule, die sich zu diesem Zeitpunkt „Demokratische Einheitsschule" nannte, das erste Mal eine „Woche der offenen Schultür" statt. Es wurde nicht nur den Eltern die Möglichkeit geboten, sich über die Arbeit in der Schule zu informieren, sondern auch der gesamten Öffentlichkeit. In den darauf folgenden zwei Wochen fand für jede Klasse ein Elternabend statt. Hier wurden mit den Eltern die anstehenden Probleme besprochen und versucht, Lösungen herbei zu führen.